細胞自噬主要有三種形式：微自噬(microautophagy)、巨自噬(macroautophagy)和分子伴侶介導的自噬 (Chaperone-mediated autophagy，CMA)。
細胞經誘導或抑制后，需對自噬過程進行觀察和檢測，常用的策略和技術有：
1、電鏡下觀察自噬體的形成
2、在熒光顯微鏡下采用GFP-LC3融合蛋白來示蹤自噬發生
3、利用Western Blot檢測LC3-II/I比值大小可估計自噬水平的高低。
4、檢測長壽蛋白的批量降解（非特異）
5、MDC染色：包
細胞自噬主要有三種形式：微自噬(microautophagy)、巨自噬(macroautophagy)和分子伴侶介導的自噬 (Chaperone-mediated autophagy，CMA)。
細胞經誘導或抑制后，需對自噬過程進行觀察和檢測，常用的策略和技術有：
1、電鏡下觀察自噬體的形成
2、在熒光顯微鏡下采用GFP-LC3融合蛋白來示蹤自噬發生
3、利用Western Blot檢測LC3-II/I比值大小可估計自噬水平的高低。
4、檢測長壽蛋白的批量降解（非特異）
5、MDC染色：包括自噬體，所有酸性液泡都被染色，故屬于非特異性的。
6、CellTrackerTM Green染色：主要用于雙染色，但其能染所有的液泡，故也屬于非特異性的。
在研究自噬相關蛋白時，需對其進行定位。由于自噬體與溶酶體、線粒體、內質網、高爾基體關系密切，為了區別，常用到一些示蹤蛋白在熒光顯微鏡下來共定位：
Lamp-2：溶酶體膜蛋白，可用于監測自噬體與溶酶體融合。
LysoTrackerTM 探針：有紅或藍色可選，顯示所有酸性液泡。
pDsRed2-mito：載體，轉染后表達一個融合蛋白(紅色熒光蛋白+線粒體基質定位信號)，可用來檢測線粒體被自噬掉的程度(Mitophagy)。
MitoTraker探針：特異性顯示活的線粒體，熒光在經過固定后還能保留。
Hsp60：定位與線粒體基質，細胞死亡時不會被釋放。
Calreticulin(鈣網織蛋白)：內質網腔
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